- 主成分分析:PCA
PCA用于将多变量数据集分解成一系列的正交化(orthogonal)的主成分(它们之间有最大的variance)。在sklearn中,PCA的实现是一个转换器对象(transformer),它可以在fit函数中学习n个主成分,可以用于新数据上,并将它们投影到这些主成分上。
可选参数whiten=True,当将每个主成分归一化到单位方差上(unit variance),可以将数据投影到奇异矩阵(singular space)上。如果下流模型(down-stream model)希望在同性的信号上做出很强的预测,通常在这之前使用PCA会很管用:比如:RBF kernel的SVM,以及K-Means聚类算法。
下例给出了iris数据集的示例,它包含4个feature,投影到2维上,来解释:
PCA对象提供了一个PCA的概率解释,基于它的variance给出数据的一种可能性解释。它实现了一个score方法,可以用在cross-validation上。
示例:
- Comparison of LDA and PCA 2D projection of Iris dataset
- Model selection with Probabilistic PCA and Factor Analysis (FA)
2. 增量PCA (Incremental PCA)
PCA对象很有用,但对于大数据集很受限制。最大的限制是:PCA只支持批处理(batch processing),这意味着所有的数据都会被处理,在内存中进行fit。IncrementalPCA 对象使用不同的处理方式,它可以进行局部计算(partial computations),和PCA的结果几乎一致,处理数据的方式是:minibatch。IncrementalPCA可以实现核外并行(out-of-core)的PCA:
- partial_fit方法:使用该方法,可以地从本地硬盘、或网络数据库上顺序地获取数据块。
- fit方法:调用该方法使用的是基于内存映射文件(numpy.memmap)的方式。
IncrementalPCA只存储主成分估计(estimates of component),以及噪声的方差(noise variances),以便增量地更新explained_variance_ratio_属性值。它所使用的内存决取于每次batch时的样本数,而非在这个数据集中要处理的所有样本数。
示例:
3. Approximate PCA
通常,将数据投影到一个低维空间中,并且保留大多数的variance,通过drop掉奇异向量上具有低奇异值的成分。
例如,如果你对64x64像素的灰度图进行面部识别(face recognition),该数据的维度就是4096,如果使用一个kernel=RBF的SVM对这样的数据进行训练会很慢。我们知道数据的内在维度(intrinsic dimensionality )是远低于4096的,因为所有的人脸图片基本相类似。这些样本主要集中在一些主要维度上(比如:200维)。PCA算法可以对数据进行线性转换,即能降低维度,也能同时保留下大多数可解释的variance。
RandomizedPCA在这种情况下很有用:由于我们要丢弃掉大多数奇异向量,将计算限制到一个奇异向量的近似估计上更有效。
例如,下图显示了Olivetti数据集中的16个样本画像(中心为0.0)。在右侧,有16个奇异向量被reshape成画像。由于我们只需要top 16个奇异向量,size为:样本数=400, feature数=64x64=4096,计算时间需要小于1s:
RandomizedPCA 可以替代PCA进行降维,我们需要指定维度值n_components作为输入参数。
假设:
RandomizedPCA的时间复杂度为:
而PCA的时间复杂度要:
RandomizedPCA 的内存占用为:
而PCA的为:
注意:RandomizedPCA中的inverse_transform实现,并不是真正的inverse transform转换,即使whiten=False时(缺省)。
示例:
4.Kernel PCA
KernelPCA是PCA的一个扩展,它通过使用kernel,进行非线性维度的降维。它有许多应用:去噪(denoising),压缩(compression),结构化预测(structured prediction,核依赖估计:kernel dependency estimation)。KernelPCA同时支持transform和inverse_transform。
示例:
5. Sparse PCA (SparsePCA和MiniBatchSparsePCA)
SparsePCA 是PCA的一个变种,它的目的是从稀疏的特征中抽取出最好的用于构建数据的主成分。
MiniBatchSparsePCA是SparsePCA的一个变种,它更快,但相对不准一些。对于给定的迭代次数,它的提速通过在小块特征集上进行迭代来完成。
主成分分析(PCA)的缺点是:通过该方法抽取的主成分具有特有的密度表示(dense expressions),例如:它们具有非零的相关系数(coefficients),可以表示成原始变量的线性组合。这很难解释。在许多情况下,真实的主成分可以想象成稀疏矩阵,例如:面部识别,主成分仅仅是脸部特征。
稀疏的主成分分析更吝啬,更可解释,更强调原始特征在样本差异下的贡献。
下面的示例展示了使用SparsePCA从Olivetti面部数据库中抽取的16个主成分。你可以看到,正则项是如何产生许多个0的. 更进一步,数据的自然结构造成了非零相关系数正交(vertically adjacent)。该模型不能增强这种数学现像:每个主成分是一个向量 ,不必关心正交,除非在可视化成64x64像素的图象时。这个现像(下面局部展示的主成分受数据本身结构的影响),这使得一些局部模式(local patterns)可以最小化重构误差(minimize reconstruction error)。另外,目前存在着许多sparsity-inducing范式,它们用来解释正交和许多不同类型的结构;详见Jen09.
注意,Sparse PCA有许多不同的公式。这里实现的方式是基于Mri09。要解决的优化问题是:PCA问题(字典学习)在各主成分上带有一个罚项:
当样本很少时,sparsity-inducing 范式可以阻止学习到的主成分的噪声。罚项的度(The degree of penalization:这里指的是稀疏度:sparsity),可以通过超参数alpha进行调整。值越小,正则项因子的力度就越温和,值越大则将会把许多相关系数shrink到0。
注意:当尝试在线学习算法时,MiniBatchSparsePCA类没有实现partial_fit,因为该算法针对的是features方向,而不是samples方向。
示例:
参考:
参考:
1.http://scikit-learn.org/stable/modules/decomposition.html#pca